上海市环保局局长张全在12月12日举行的上海市政府例行新闻发布会上，针对媒体广泛关心的正处于论证阶段的沪杭磁悬浮项目指出，从环保的角度来说，距磁浮线路轨道3米处的电磁辐射残留非常少，5米以外基本就没有影响了。至于噪音问题，磁悬浮在市区内将进行减速，郊区再进行加速，这样应该基本能解决噪音问题。

2003年12月1日开始施行的《上海市城市规划管理技术规定(土地使用建筑管理)》第42条明确规定：沿磁悬浮交通线两侧新建、改建、扩建建筑物，其后退轨道中心线距离除有关规划另有规定外，不得小于50米。但2006年7月10日，上海市环境科学研究院、浙江省环境保护科学设计研究院联合编写的《沪杭磁浮交通工程环境影响报告书》显示，在列车运行速度不超过200km/h的条件下，单侧轨道中心线外侧22.5米处的等效噪声影响已达到上海市环境保护评价要求。

2007年6月15日，上海磁浮交通发展有限公司总经理、沪杭磁浮工程(上海段)建设指挥部副总指挥兼办公室主任吴祥明在上海城市交通研究会理事会上曾公开表示，“沪杭磁浮设定的22.5米防护带，主要是为了防止噪声对周边环境的影响。磁浮系统的强磁场只存在于轨道部分的封闭空间内，对人体的磁辐射接近于地球产生的磁场。”

张全透露，目前磁悬浮项目正在进行线路优化，但对于电磁辐射的影响还需要向公众进行更多的宣传。